1. Aastal 1992 lahkus Lennart Meri välisministri ametikohalt ja sai lühikeseks ajaks Eesti Vabariigi suursaadikuks Soomes. Sama aasta sügisel kandideeris ta Eesti presideniks. Meri kaotas küll valimiste esimeses voorus suurelt Arnold Rüütlile, endt pääses teise vooru ning osutus seal valituks.
2. Samal aastal sai presidendist Eesti Meestelaulu Seltsi patroon.
3. Temast sai Euroopa Teaduste ja Kunstide Akadeemia juhatuse liige aastal 1993.
4. Presidenina tegi Meri väga palju ära Eesti tutvustamiseks. Aastal 1995 anti talle Ferdinand Johann Wiedemanni keeleauhind, mis antakse laureaatidele väljapaistvate teenete eest eesti keele uurimisel, korraldamisel, õpetamisel, propageerimisel või kasutamisel.
5. 21. veebruaris 1996 andis Lennart Meri ametliku käigu projektile "Tiigrihüpe" ning esimene rahaeraldis nähti ette 1997. aasta riigieelarves.
6. 20. septembril 1996. aastal valiti ta valimiskogus teiseks ametiajaks Eesti Vabariigi presidendiks.
7. Aastal 1997 loodi Tartu Ülikooli Sihtasutus, mille patrooniks oli Lennart Meri.
8. Sama aastanumbri sees sai Meri Sloveenia Vabariigi Vabaduse Kuldtähe ordeni, Itaalia Vabariigi Teeneteordeni suurristi ja Leedu Vabariigi Vytaytas Suure ordeni.
9. Aastal 1998 valis Prantsusmaa ajaleht La Vie Meri aasta eurooplaseks.
10. Samal aastal sai ta ka Eesti Ajalehtede Liidu poolt Pressisõbra aunimetuse.
11. Järgmisel aastal korraldati Eesti Entsüklopeediakirjastuse, Eesti Päevalehe, Rahvusraamatukogu, Kuku raadio ja TV3 poolt Eesti 20. sajandi suurkujude valimine ning väärika 20. sajandi suurima poliitiku tiitli sai Lennart Meri.
12. 26. veebruaril 1999 avas ta Tartus Balti riikide ühisprojektina sündinud Balti Kaitsekolledži, mille eesmärgiks on anda Baltimaade ohvitseridele läänelik sõjaväeharidus. Kolledži avamine oli samm edasi Balti riikide rahvusliku ja regionaalse julgeolekupoliitika kindlustamisel, ütles president oma avakõnes.
13. 2000. aasta juunis sai Meri Austrais väikeriikide poliitika eest Batlineri auhinna
14. Oma ametisoleku viimasel aastal jagas Meri kunagistele poliitvangidele ja küüditatule üle kogu Eesti Murtud Rukkilille Märke.
15. 2001. aastal valiti Lennart Meri Eesti Teaduste Akadeemia akadeemikuks.
16. Lennart Meri valitsusaeg lõppes koos Arnold Rüütli ametivande andmisega riigikogu ees 8. oktoobril 2001.