Fu Manchu ajaarvamise alguseks võib mõnes mõttes pidada 1985. aastat, kui laulja Ken Pucci, kitarrist Scott Hill, basskitarrist Mark Abshire ja trummar Ruben Romano lõid ansambli Virulence ning hakkasid hardcore punki mängima.
Nende peamisteks eeskujudeks olid tollal ansamblid Black Flag ja Bl'ast. 1987. aastal lahkus Abshire bändist ja tema asemel asus bassi mängima Greg McCaughey.
1988. aastal salvestas Virulence oma esimese LP "If This Isn't A Dream..." ning see jõudis avalikkuse ette 1989. aastal.
Aasta hiljem otsustas vokalist Ken Pucci ansamblist lahkuda ning pärast seda, kui tema koha bändis võttis üle Glenn Chivens, sai ansambli uueks nimeks Fu Manchu.

Varsti pärast nimemuutust andis plaadifirma Slap A Ham Records välja 7-tollise vinüülsingli Fu Manchu loost "Kept Between Trees".
Ansambli koosseis muutus veelgi – basskitarrist Greg McCaughey lahkus, kuna talle ei meeldinud kaugenemine omaaegsest Virulence'i stiilist ning bändi muusikaline suunavõtt 1970. aastate raske roki poole, sest tema arvates kõlas see samamoodi, kui suurem osa teisi tollaseid Seattle'i "grungeplahvatuse" bände.

McCaughey asemel liitus kunagiste bändikaaslastega taas Abshire ning teadmata põhjustel otsustas ansamblist peatselt pärast seda lahkuda laulja Chivens, kelle kohustused võttis üle kitarrist Hill. Ühtlasi tuli bändi Scott Votaw, kes asus Hilli soolokitarristina toetama. Votawi koostöö bändiga jäi üsna põgusaks – 1993. aastal sai tema asemel uueks soolokitarristiks Eddie Glass, kellega salvestati ka 1994. aastal ilmunud Fu Manchu esimene album "No One Rides For Free".

Esimese albumi ilmumine sai võimalikuks tänu sellele, et Nirvana meeletu edu valguses 1990. aastate esimeses pooles võttis Fu Manchuga ühendust suur plaadifirma, andes bändile hulga raha demoplaadi salvestamiseks, et veenduda, kas Fu Manchu ametliku albumi salvestamisega tasub üldse vaeva näha.
Bändi liikmete sõnul ei olnud neil stuudiosessioonide ajal aga kavaski plaadifirmaga lepingut sõlmida ning demode lindistamise asemel soovisid mehed teha korraliku albumi, mis seejärel iseseisvalt välja anda. Sõltumatu plaadifirma Bong Load Custom Records abiga see ka juhtus.
Vahetult enne teise albumi "Daredevil" salvestamist 1995. aastal viskas Abshire taas basskitarri nurka ning selle noppis üles Brad Davis. Albumi ilmumisele järgnes pikk Põhja-Ameerika tuur, mille käigus oli Fu Manchul võimalus soojendusesinejana toetada tollal populaarsuse tipul olnud Monster Magnetit.

Pärast kolmanda albumi "In Search Of" ilmumist 1996. aastal lahkusid bändist Glass ja Romano, tuues põhjuseks isiklikud ja muusikalised vastuolud bändi liidri Scott Hilliga. Bändist lahkunud mehed Glass, Romano ja Abshire ühendasid peatselt jõu ning asutasid ansambli Nebula.

Fu Manchu uueks trummariks sai Brand Bjork ja basskitarristiks Bob Balch ning järgneva viie aasta jooksul kulges bändi karjäär stabiilselt ja üsna edukalt – muuhulgas esineti koos selliste bändidega nagu Kyuss, Monster Magnet, Marilyn Manson, Clutch, Corrosion of Conformity ja White Zombie.
2001. aastal ilmus album "California Crossing", millele järgnes taaskord koosseisumuutus – trummar Brant Bjork otsustas proovida õnne sooloartistina ning tema koha võttis üle endine ansambli Sunshine and Smile trummar Scott Reeder. Järgnevate aastate jooksul andis ansambel ilma ühegi koosseisumuutuseta välja veel kolm albumit ("Start The Machine", "We Must Obey" ja "Signs of Infinite Power").