Kunis on vaid üks vähestest staaridest, kellel on heterokroomia sündroom ehk tema silmad on erinevat värvi. Tuleb välja, et tema vasak silm on roheline ja parem hoopis pruun, kuid need ei olnud sellist värvi, kui Kunis sündis.

"Ma olin mitu aastat ühest silmast pime, kuid keegi ei teadnud seda," avalikustas ta intervjuus Cosmopolitaniga. Kunis ei tea täpselt, kui kaua ta piiratud nägemisega elama pidi, kuid 2010. aastal sai ta tänu arstidele tagasi tööle ka teise silma. Kuid pärast keerulist operatsiooni jäid Kunise silmad ikka erinevat värvi.