Ta oli 2001–2004 ja 5. aprillist 2007 kuni 9. novembrini 2017 Tallinna linnapea. Harju Maakohus kõrvaldas ta 30. septembril 2015 linnapea ametist, põhjendades seda eesmärgiga vältida kriminaalasja kaasatud tunnistajate mõjutamist kriminaaluurimise ajal.

Esimesest abielust Kairega on Edgar Savisaarel poeg Erki, kellel on tütred Elis ja Riin. Teisest abielust Liisiga on Edgar Savisaarel tütar Maria ja poeg Edgar.

Ta abiellus 19. oktoobril 1996 Vilja Savisaarega (varasem nimi Laanaru). Neil on tütar Rosina. 15. detsembril 2009 teatasid Savisaared, et on otsustanud oma abielu lahutada.

Savisaar elab Lääne-Virumaal Vihula vallas Eru külas Hundisilma talus.