Phoenix on olnud vegan alates kolmeaastasest saadik ning muu hulgas on ta produtseerinud uue dokumentaalfilmi veganlusest nimega Gunda. Intervjuus Independentile tõdes Phoenix, et ehkki tema uskumused veganluse osas on vankumatud, siis ikkagi ei pea ta õigeks oma eelmisel aastal sündinud poega veganina üles kasvatada.

"Loomulikult loodan, et ta oleks vegan, aga sellegipoolest ei pea ma õigeks oma uskumusi talle peale suruda," tõdeb Phoenix, lisades et tema sõnul ei ole see päris õige.

"Ma kindlasti harin ja valgustan teda reaalsuse osas. Ma ei soovi, et ta harjuks ideega, et Mcdonald'sis on Happy Meal, aga tegelikult pole seal midagi rõõmsat. Ja ma kindlasti ei ütle talle, et loe raamatuid imelistest farmiloomadest, samal ajal mitte öeldes, millest hamburger on tehtud."

"Ma ei hakka talle valetama, kuid samas ei sunni ma tal olema ka vegan. Ma toetan teda. See on minu plaan."

Phoenix ja näitleja Rooney Mara teatasid 2020. aastal, et nad said poja, kelle nimetasid nad Phoenixi venna Riveri järgi. Oscariga nomineeritud River Phoenix suri 1993. aastal kõigest 23-aastasena.