Holmes jäi oma uue peigmehe Emilio Vitolo Junioriga paparatsodele vahele pühapäeva õhtul New Yorgis, kus paar nautis õhtusööki. Piltidele jäi ka mitu Holmesi ja Vitolo kirglikku suudlust, mis kinnitavad, et nende vahel on midagi enamat kui sõprus.

Holmes abiellus 2006. aastal Tom Cruise'iga ning paarile sündis tütar Suri, kes on praeguseks juba 14-aastane. Hollywoodi ühe kuulsaima paari lahutus jõustus 2012. aastal. Aasta pärast seda läks Holmes suhtesse Jamie Foxxiga, kuid kumbki ei kinnitanud kunagi, et nad koos olid. Allikate sõnul purunes nende suhe eelmisel aastal.